También se reporta la existencia de una sequía hídrica. La Comisión Estatal del Agua (CEA) confirmó que el nivel del río Cuautla está disminuyendo a consecuencia de varios factores presionados por el crecimiento de la mancha urbana, y la falta de regulación de los asentamientos humanos. Los efectos del cambio climático, traducida en una sequía hídrica en la zona oriente, también contribuyen al descenso del caudal.